藤原鎌足が常陸国司に任じられ、この地に赴いた際に建立しました。
白河風土記によると、藤原鎌足が訪れた際に「我は霊神なり」と草の中の竹筒から飛び出し叫んだ子どもがいました。藤原鎌足が神の名を尋ねると、「高彦なり」と答え、そこで「これこそ高彦根なるべし」と社殿を建て、竹の筒子をわけて出てきたことから「筒子別明神」と称して、祀ったと言われています。
この神社には、天正11年（1583年）に奉納された「銅製御正体鏡板」（国指定重要美術品）があります。またこの頃に植えられたスギの木は樹齢400年を超え、県道からも見ることができます。